Phương pháp của phương thức sắp xếp không gian để cho trắc định ARN ribôxôm chủ yếu có phương pháp kính hiển vi điện tử và phương pháp liên kết chéo. Việc bố trí chức năng của nó, thông qua vài loại cách thức xác định trong đồ hoạ ribôxôm 70S, đã hiển thị vị trí kết hợp và phương hướng của phân tử ARN ribôxôm. Bên trong kính hiển vi điện tử, sự xếp đặt theo thứ tự của ARN ribôxôm 16S hiện ra hình chữ V, một cái cánh tay hơi dày và dài hơn một cái cánh tay còn lại. Kích thước và hình dạng của ARN ribôxôm 23S thật rất xứng đáng thích hợp với kiểu dáng cái "mũ vua" của á đơn vị ribôxôm 50S. Có kết luận cho biết là, ARN ribôxôm đã hình thành giàn khung của á đơn vị ribôxôm, rồi prôtêin kết hợp với nó. Phổ thông mà nói, giàn khung ARN ribôxôm không phát sinh sự biến hoá lớn về hình trạng kết cấu. Nhờ miễn dịch mà phương pháp kính hiển vi điện tử đã xác định một ít đặc trưng nào đó của ARN ribôxôm ở bên trong á đơn vị. Sử dụng kháng thể Anti-N6, N6-dimethyladenosine[2] (xếp đặt ở vào vị trí 24 và 25 của đầu cuối cùng 3' của ARN ribôxôm 16S), rồi xác định một đoạn của vùng nuclêôbazơ sửa trị xếp đặt ở vào khoảng giữa đầu và thân của á đơn vị ARN ribôxôm 30S. 7-methylguanosine[3] của ARN ribôxôm 16S, vị trí thứ tự số 526, nằm ở chỗ giáp giới 1/3 về phía trên và 2/3 về phía dưới của ARN ribôxôm 30S. Liên kết chéo nội bộ của ARN ribôxôm 16S, 5S và 23S đã được nghiên cứu. Chứng minh được liên kết chéo G41 và G72 ở bên trong ARN ribôxôm 5S, loại liên kết chéo này thuộc phản ứng cấu trúc bậc ba, lợi dụng phản ứng ấy rồi kiến lập một bộ phận mô hình ba chiều phân tử ARN ribôxôm 5S cải tiến. Ngoài ra, việc nghiên cứu liên kết chéo ARN và prôtêin cũng là phương pháp sắp xếp không gian phân tử ARN ribôxôm cực kì hữu dụng để cho trắc định bên trong á đơn vị.

Hiện nay thông thường cho biết là, chức năng cơ bản của ribôxôm chỉ nương nhờ đến ARN ribôxôm ở bên trong nó, prôtêin ribôxôm đã mở đầu tác dụng tăng cường chức năng ARN ribôxôm. Ribôxôm được kiến lập sớm nhất do ARN ribôxôm, một ít prôtêin tăng thêm vào ở phần trên của nó trong quá trình tiến hoá. Tất cả thật nghiệm in vivo đã chứng minh đường ribôzơ dù thiếu hụt một ít prôtêin nào đó nhưng vẫn có hoạt tính sinh vật; ngoài ra, loại đột biến gen ARN ribôxôm (hoặc ADN ribôxôm) và metyl hoá tất cả đều có thể dẫn đến chống cự lại chất kháng khuẩn (ví như Erythromycin và Chloramphenicol, v.v).